制药工程专业自2012年开始本科招生，专业方向为化学制药，探索药物制备的基本原理以及实现工业生产的工程技术，包括新工艺、新设备、质量监控及生产管理等方面研究。

专业共有专任教师16人，其中学科带头人1人，南湖特聘教授3人，兼职白俄罗斯院士1人，教授4人，博士学位教师14人，半年以上工程实践经历教师8人、海外经历教师9人，校级优秀教师3人，浙江省“新世纪151人才工程”培养对象2人，省高校中青年学科带头人2人，嘉兴市杰出人才培养人员2人。

专业旨在培养具有良好的职业道德、高度的社会责任感、较强的产品质量意识和一定的国际化视野和社会交流能力，能在制药及其相关领域的生产企业、科研院所、设计院和管理部门等单位从事产品开发、工程设计、生产技术与质量管理和科技服务等工作或进入本学科及相关学科继续深造高级应用型人才。校企共建校外实习基地12个，实验室面积500平方米，教学科研仪器设备价值2000余万元。

近五年，学生获省大学生化学竞赛，全国“挑战杯”系列竞赛奖20多项，学生学科竞赛参与率80%以上；参与国家大学生创新创业训练计划、省新苗人才计划等项目17余项。近三年，考研录取率21%以上，多人考取国内知名高校研究生。